کتابخانه مرکزی دانشگاه در سال ۱۳۶۵ در ساختمان مرکزی دانشگاه تاسیس شد و در سال ۱۳۸۳ با رونق گرفتن استفاده از اینترنت در خدمات کتابداری و استفاده از نرم افزار کتابخانه سازماندهی منابع با سرعت بالا انجام گرفت. همچنین در سال ۹۲ با گسترش مجموعه سازی و خرید منابع جدید، کتابخانه دانشگاه به ساختمان جدید در طبقه همکف ساختمان الحاقی منتقل گردید.
در حال حاضر کتابخانه مرکزی دانشگاه علوم پزشکی فسا با ۲۳۱۰۹ نسخه کتاب فارسی، ۴۲۶۰ نسخه کتاب لاتین ، ۷۸۴ عنوان پایان نامه یکی از غنی ترین کتابخانه های شهرستان فسا در زمینه پزشکی، پیراپزشکی و علوم وابسته می باشد.
در کتابخانه مرکزی خدمات مختلفی مانند امانت، انتخاب، تهیه و خرید منابع، فهرستنویسی و آماده سازی منابع انجام می گیرد.