کتابخانه مرکزی دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی یزد همزمان با تاسيس بيمارستان شهيد صدوقي در سال ۱۳۸۱ به همت خير محترم جناب آقاي دکتر محمد حسن اسلامي به بهره برداري رسيد. کتابخانه در طبقه اول واقع شده و شامل بخشهای مخزن، سالن مطالعه، اینترنت، مجلات، پایان نامه ها، بخش سفارشات منابع فارسی و لاتین، فهرست نويسي و آماده سازي منابع مي باشد. دفتر کتابخانه مرکزی در ساختمان اصلی دانشگاه قرار دارد.