کتابخانه مرکزی دانشگاه علوم پزشکی ایران در سال ۱۳۵۳ و همزمان با تاسیس مرکز پزشکی ایران، در طبقه زیرزمین ساختمان گاندی دانشگاه راه‌اندازی شد و مدیریت آن برعهده آقای دکتر داودی‌فر قرار گرفت. وی فارغ‌التحصیل دکترای کتابداری و اطلاع‌رسانی از دانشگاه پیتسبرگ یکی از بزرگترین دانشگاههای آمریکا بود.
پس از انقلاب اسلامی و طی شدن دوره انقلاب فرهنگی، کتابخانه به فعالیت خود ادامه داد و دکتر طبیبی که در آن زمان ریاست دانشکده کتابداری و اطلاع‌رسانی را برعهده داشت نام این دانشکده را به دانشکده مدیریت و اطلاع‌رسانی پزشکی تغییر داد.
این کتابخانه در سال ۱۳۹۱ به ساختمان جدید منتقل شد. ساختمان جدید کتابخانه به وسعت ۹۲۵۰ متر و در ۱۱ طبقه در پردیس همت قرار دارد.
کتابخانه مرکزی برآن است تا با استفاده از شیوه ها و ساختارهای نوین عرضه اطلاعات و فناوری و بسط مجموعه و با اتکا به نیروی انسانی کارآمد، به عنوان الگوی ساماندهی شبکه دانش در بین دانشگاههای علوم پزشکی کشور باشد.