کتابخانه دانشکده علوم پزشکی خلخال باتوجه به گسترش دانش و و ضرورت نظم بخشی به مجموعه‌ها و بازیابی سریع و آسان منابع، از سال ۱۳۹۶بطور مستقل با خریداری نرم افزار فراکاوش کتابداری و به منظور توسعه و پیشرفت امور جاری کتابخانه، فعالیت خود را آغاز نموده است که اطلاعات فهرستگان کتابخانه بصورت شبکه از داخل دانشگاه و همچنین بیرون از دانشگاه از طریق پورتال کتابخانۀ دیجیتال قابل دسترسی می باشد. کتابخانه دانشکده علوم پزشکی در حال حاضر حاوی منابع مختلف چاپی و کتاب مرجع فارسی و لاتین میباشد. یکی از بخش های مهم کتابخانه، بخش امانت است که شالوده کارهای فنی و عملی در این بخش به صورت امانت کتاب به مراجعین ارائه میگردد. رده بندی کتب بر اساس رده بندی NLM (نظام رده بندی کتابخانه ملی پزشکی آمریکا) بوده با دستگاه بارکدخوان و سیستم کتابخانه بصورت باز میباشد. بخش امانت شامل واحد جستجوی کامپیوتری می باشد که برای استفاده مراجعین جهت جستجوی منابع قرار داده شده است.