کتابخانه موسسه عالی طب انتقال خون بزرگترین مرجع کتب و نشریات تخصصی در زمینه طب انتقال خون و فراورده های آن است و شامل ۴۳۰۰ جلد کتاب لاتین(۲۰۷۶ عنوان)، ۳۷۰۰ جلدکتاب فارسی (۱۲۰۰ عنوان)، ۵۱۵ حلقه کتاب الکترونیکی و ۳۶۶ جلد پایان نامه دانشجویی در مقطع کارشناسی ارشد و دکتری در رشته های زیست فناوری و هماتولوژی، ۱۰ عنوان ژورنال های تخصصی لاتین سالیانه ، ژورنال های صحافی شده از سال ۱۹۷۵ تا کنون، کلیه کتب منتشر شده AABB (کتب تخصصی رشته انتقال خون و هماتولوژی) می باشد. همچنین کتابخانه موسسه، مقالات مجلات Transfusion medicine review, Vox sanguinis, Transfusion ,British Journal of Hematology, transfusion medicine را از سال ۲۰۰۴ میلادی و مقالات مجلات Biotechnology Advances، Journal of Biotechnology ، Current Opinion in Biotechnology را از سال ۲۰۲۰ میلادی تا کنون به صورت فایل Pdf بر روی سیستم کتابخانه ذخیره کرده تا برای استفاده کاربران در اختیار آنها قرار گیرد. کتابخانه موسسه دارای دو مخزن Open، یک سالن کامپیوتر با ۱۰ سیستم آنلاین، یک سالن مطالعه و اینترنت Wireless جهت استفاده دانشجویان و کاربران می باشد. کتابخانه موسسه دارای نرم افزار RDML (کتابخانه دیجیتال پزشکی با حدود ۳۲۰۰ جلد کتاب انگلیسی، فیلم های آموزشی پزشکی و کتب فارسی) می باشد که بر روی کلیه سیستم های سازمان و موسسه نصب و در شبکه داخلی سازمان قابل استفاده می باشد. کلیه پرسنل، اعضای هیات علمی و دانشجویان موسسه می توانند از سالن مطالعه، بخش اطلاع رسانی، اینترنت و امانت کتاب استفاده کنند.