كتابخانه مركزي دانشگاه علوم پزشكي اصفهان در سال ۱۳۶۶ پس از تشکیل وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی و بعد از جدا سازی دو دانشگاه (اصفهان و علوم پزشکی) به طور مستقل در ۷ بخش (بخش اداری، بخش سفارشات و ثبت منابع اطلاعاتی، بخش اطلاعﺭسانی (خدمات جستجوی مدلاین)، بخش سمعی و بصری، بخش پایان نامه و بخش امانت ) با مجموعه اي در حدود ۱۵۰۰ عنوان كتاب فارسي و لاتين در فضايي به وسعت ۱۰۰ متر مربع فعاليتهاي تخصصي خود را بصورت نیمه متمركز در سطح دانشگاه آغاز نمود.
در حال حاضر کتابخانه مرکزی دارای بخش های زير است:
۱- مدیریت
۲- سفارش و تهیه منابع علمی،
۳- ثبت منابع،
۴- سازماندهي و نمایه سازی منابع و
۵- بخش رایانه و خدمات اطلاع رساني
سرویس و خدمات کتابخانه مرکزی از طریق بخش های فوق برای بیش از ۴۵ کتابخانه در سطح دانشگاه انجام می گیرد.