کتابخانه مرکزی دانشگاه هم زمان با تاسیس دانشگاه در ساختمان مجاور بیمارستان بوعلی در سال ۱۳۷۲ ایجاد گردید. در سال ۱۳۷۴ دانشگاه علوم پزشکی اردبیل به ساختمانی واقع در خیابان دانشگاه بالاتر از دریاچه شورابیل منتقل گردید. (ساختمان فعلی کتابخانه مرکزی) کتابخانه مرکزی با مساحتی بیش از ۱۵۰۰متر مربع و به صورت دو طبقه می باشد. طبقه اول بخش مخزن، امانت، سالن مطالعه و آرشیو کتب طبقه دوم سایت کامپیوتر، بخش پایان نامه و بخش مشاور اطلاعاتی می باشد. بخش فنی در طبقه اول جنب کتابخانه و سالن آموزشی منابع الکترونیک در طبقه دوم جنب کتابخانه واقع شده است. بخش های مختلف کتابخانه عبارتند از: خدمات فنی، امانت و مرجع، سایت کامپیوتر، سالن مطالعه، بخش پایان نامه و بخش مشاور اطلاعاتی است. اهداف کتابخانه مرکزی دانشگاه کمک به ارتقاء سطح کیفی و تقویت آموزش و پژوهش و فعالیتهای پژوهشی دانشگاه از طریق تهیه، توسعه و تسهیل دسترسی به منابع و اطلاعات علمی مورد نیاز دانشگاه و مدیریت بهره برداری از این منابع است.